Το νησί της Καρπάθου και της Σαρίας ανήκει στο Δίκτυο NATURA 2000, δεδομένου ότι περιέχουν μια τεράστια ποικιλία οικοτόπων και φιλοξενούν σπάνια είδη σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο. Το νησί θεωρείται εξαιρετικής σημασίας για την προστασία της μεσογειακής φώκιας σε εθνικό επίπεδο, ενώ διαθέτει μια ποικιλία οικοτόπων και είναι το σπίτι για σπάνια είδη σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο.
Αµφίβια: Το βατράχι Rana ridibunda περιλαµβάνεται στην ΟΔΗΓΙΑ 92/43/ΕΟΚ (Παράρτηµα IV). Ερπετά: Τα είδη Cyrtodactylus kotschyi και Hemidactylus turcicus προστατεύονται από την Ελληνική Νοµοθεσία (Προεδρικό Διάταγµα 67/81). Το είδος Chalcides ocellatus ocellatus περιλαµβάνεται στο Παράρτηµα IV της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ και προστατεύεται από την Ελληνική Νοµοθεσία (Προεδρικό Διάταγµα 67/81).
Νυχτερίδες: Το είδος Pipistrellus savii περιλαµβάνεται στο Παράρτηµα IV της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ και προστατεύεται από την Ελληνική Νοµοθεσία (Προεδρικό Διάταγµα 67/81).
Φυτά: Τα είδη Arenaria fragilima, Asplenium bourgeaui, Silene ammophila ssp. carpathae, Silene insularis, Origanum vetteri, Campanula carpatha, Crepis tybakiensis και Salsola carpatha προστατεύονται από την Ελληνική Νοµοθεσία (Προεδρικό ?ιάταγµα 67/81) και περιλαµβάνονται στο IUCN κόκκινο κατάλογο των απειλούµενων φυτών (1993, Ελλάδα. 1988, Ευρώπη. 1993, Κόσµος) µε το χαρακτηρισµό “σπάνια”.
Τα πιο κάτω είδη περιλαµβάνονται στον Κατάλογο Απειλούµενων Ειδών της IUCN (1993) στην κατηγορία των απειλούµενων φυτών: Crepis pusilla “σπάνιο”, Medicago heyniana “σπάνιο”.
-
Το Tulipa saxatilis προστατεύεται από την Ελληνική Νοµοθεσία (Προεδρικό Διάταγµα 67/81).
-
Το Arum creticum εξαπλώνεται στην Κρήτη και στο Α. Αιγαίο (εκτός Ελλάδας βρίσκεται µόνο στην Ν. Τουρκία).
-
Το Filago aegaea ssp. aristata εξαπλώνεται στο Ν. και Α. Αιγαίο, στα νησιά του Ιονίου, στην Κρήτη και στην Κύπρο.
-
Το Brassica cretica ssp. aegaea είναι χασµόφυτο µε εξάπλωση στην Ελλάδα, Ν. Ανατολία και στο όρος Κάρµελ.
-
Το Galium canum ssp. ovatum εξαπλώνεται στην Κρήτη, στο Α. Αιγαίο και στην Τουρκία.
-
Το Lithodora hispidula ssp. hispidula είναι ενδηµικό των νησιών του Α. Αιγαίου, της Κρήτης και Τουρκίας.
Θηλαστικά: Στη θαλάσσια περιοχή κατοικεί μικρός αλλά σημαντικός πληθυσμός της μεσογειακής φώκιας.